Добрый день.
Форма оплаты напрямую на систему налогообложения не влияет никак. Но под ЕНВД не подпадают продажи, осуществляемые через интернет-магазин.
Посмотрите определение розничной торговли (в целях применения ЕНВД) в ст. 346.27 НК РФ:
Цитата:розничная торговля- предпринимательская деятельность, связанная с торговлей товарами (в том числе за наличный расчет, а также с использованием платежных карт) на основе договоров розничной купли-продажи.К данному виду предпринимательской деятельностиНЕотносится реализацияподакцизных товаров, указанных в подпунктах 6 - 10 пункта 1 статьи 181 настоящего Кодекса, продуктов питания и напитков, в том числе алкогольных, как в упаковке и расфасовке изготовителя, так и без такой упаковки и расфасовки, в барах, ресторанах, кафе и других объектах организации общественного питания, невостребованных вещей в ломбардах, газа, грузовых и специальных автомобилей, прицепов, полуприцепов, прицепов-роспусков, автобусов любых типов, товаров по образцам и каталогам вне стационарной торговой сети (в том числе в виде почтовых отправлений (посылочная торговля), а такжечерез телемагазины, телефонную связь и компьютерные сети), передача лекарственных препаратов по льготным (бесплатным) рецептам, а также продукции собственного производства (изготовления).